Il faut attendre le XVIIIème siècle pour voir apparaître avec Franz Anton Mesmer la première théorie scientifique sur la transe. Ce qui a fait sortir celle si du domaine religieux et du surnaturel. Mesmer, un médecin Viennois à donc mené l’hypnose à son apogée. C’est à cette époque là que la médecine occidentale s’empare de l’hypnose. Mesmer pensait que les troubles des patients étaient dus à un blocage du corps au niveau de la circulation du “ fluide magnétique “ et que pour guérir il suffisait d’enlever ces blocages. Il utilisait le terme de “ crise magnétique “ pour expliquer le moment où les blocages internes s’évacuaient. Cette théorie des magnétismes est aussi appelée “ magnétisme animal “. Mesmer explique : “ Il existe une influence mutuelle entre les corps célestes, la terre et les corps animés. La propriété du corps animal qui le rend susceptible de l’influence des corps célestes et de l’action réciproque de ceux qui l’environnent, manifestée par son analogie avec l’aimant, m’a déterminé à la nommer magnétisme animal . “
Mesmer laissa derrière lui un grand nombre de disciples qui continuèrent d’exercer le magnétisme, se scindant d’ailleurs en plusieurs courants comme les fluidistes, se voulant fidèle de MESMER, utilisant ses passes magnétiques et le baquet, et les animistes niant l’action d’un fluide mais plaidant plus pour une force vitale capable de guérir, comme la volonté ou la concentration.
Un disciple de Mesmer : le Marquis de Puységur est allé plus loin dans la théorie. Il fut le premier à décrire ce qu’il appellera le somnambulisme provoqué ou sommeil artificiel. En 1784, il magnétise un paysan nommé Victor Race pour une fluxion de poitrine : il constate que cet homme tombe dans une sorte de sommeil étrange, différent du sommeil naturel, se produisant sans les convulsions mesmériques habituelles . Cet état semblait augmenter certaines de ses dispositions naturelles : augmentation de l’intelligence, capacité de lucidité à propos des maladies et leurs remèdes. Ces sortes de crises que découvre le Marquis de Puységur se voient être aussi efficaces que celles de Mesmer. Il concluera ses mémoires par la devise : « Croyez et veuillez ». Le Marquis de Puységur fut ainsi le premier à décrire, avec le sommeil lucide, un certain nombre de conduites correspondant à celles qui caractérisent l’hypnose telle que pratiquée aujourd’hui. Léon CHERTOK écrira d’ailleurs presque deux siècles plus tard : « ...En un sens, Puységur est l’ancêtre de toutes les thérapies à vocation réparatrice, empathiques ou autres... »
L’école de la Salpêtrière à Paris, a participé à l’apogée de l’hypnose en France à la fin du XIXe siècle. C’est en partie grâce au neurologue Jean-Martin Charcot qui se consacrait principalement aux maladies nerveuses que l’hypnose fut réhabilitée. Ce neurologue donna même son nom à la maladie de “Charcot-Marie-Tooth”. Ce dernier présenta en effet cette pratique comme une démonstration somatique propre à l’hystérie. Ses diverses expérimentations mirent au jour une vision nouvelle des phénomènes hystériques : ces derniers n’étaient plus considérés comme des simulations. Charcot considérait l’hystérie comme un phénomène d’immobilisation post-traumatique. Il posa donc les bases de la théorie du traumatisme psychique. De grands cliniciens tels que Sigmund Freud, Eugen Bleuler ou encore Joseph Delbœuf s’en sont beaucoup inspirés.